Pantsir-S được bắt đầu phát triển vào năm 1990 nhằm thiết kế một tổ hợp hiện đại hơn tổ hợp tiền nhiệm Tunguska M1. Một nguyên mẫu được hoàn thành vào năm 1994 và được trưng bày tại triển lãm hàng không MAKS 1995. Các nghiên cứu phát triển sau đó đã bị ngừng lại do các vấn đề về kinh tế ở Nga. Phát triển cuối cùng của tổ hợp Pantsir-S1 được trình diễn tại UAE năm 2000. Công việc giao hàng cho UAE đã ngừng lại sau khi UAE và Phòng thiết kế công cụ KBP đồng ý thiết kế lại tổ hợp.

Một số nguồn tin cho rằng, mẫu thiết kế lại sẽ có tên gọi là Pantsir-S1-O hoặc Pantsir-S1E nhưng tất cả đều nhầm, KBP không đưa ra một biến thể riêng biệt nào như vậy vào tháng 8 năm 2007. Tổ hợp có hai radar mới, được tăng tầm, khả năng theo dõi nhiều mục tiêu trên không hơn, cũng như mục tiêu mặt đất và có một hệ thống IFF tích hợp. Trong cabin được trang bị hai màn đa năng LCD mới, thay thế các màn hình CRT cũ và có một hệ thống máy tính trung tâm mới rất lớn, tốc độ xử lý dữ liệu mạnh, nhằm giảm thời gian đáp ứng. Do ứng dụng các công nghệ mới, nên thể tích của tổ hợp sẽ giảm 1/3, trong khi đó trọng lượng giảm 1/2. Tổ hợp cũng được trang bị các loại tên lửa tăng cường (từ kiểu 57E6 tới kiểu 57E6-E có thể hoán đổi cho nhau) và pháo (từ kiểu 2A72 tới kiểu 2A38M).

Các cuộc thử nghiệm bắn đạn thật đã diễn ra vào tháng 6 năm 2006 tại trường bắn thử nghiệm Kapustin Yar, vùng Astrakhan, Nga. Các cuộc thử nghiệm cuối cùng trước khi giao hàng cho UAE được thực hiện vào tháng 5 năm 2007 cũng tại Kapustin Yar, gồm các bài thử nghiệm: hành quân 250 km tới một vị trí chưa chuẩn bị trước để hoàn thành một nhiệm vụ phòng không thông thường. Các thử nghiệm khác sẽ được diễn ra tại Các tiểu vưong quốc Ả rập thống nhất.